법인사업자가 알아야 하는 세금으로는 개인사업자의 소득세에 해당하는 법인세와 부가가치세라고 할 수 있다.
먼저, 법인세는 주식회사와 같이 법인형태로 사업을 하는 경우 그 사업에서 생긴 소득에 대해 내는 세금으로서, 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되고 토지 등 특정자산을 양도할 때 생긴 소득에 대해서는 법인세를 추가로 납부해야 한다.

■각 사업연도소득 = 총 익금 - 총 손금
여기서, 익금에는 사업에서 생기는 수익금액 외에 사업과 관련해 발생하는 자산의 양도금액, 자산의 평가차익, 무상으로 받은 자산의 가액 등도 익금에 포함되며, 손금에는 제품의 원가 및 인건비 외에 사업과 관련해 지출한 접대비, 복리후생비 등을 포함하며 세법에서 특별히 인정하는 특정손금이 있다.
법인구분별로 납세의무의 차이를 보면 다음과 같다.
내국법인의 경우 영리법인은 국내외 모든 소득이 각 사업연도의 소득 법인세에 해당되며 비영리법인은 국내외 모든 소득 중 열거된 수익이나 사업에서 발생하는 소득이 해당된다.
외국법인은 영리법인의 경우 국내 원천소득이 각 사업연도 소득 법인세며 비영리법인은 국내 원천 소득 중 열거된 수익과 사업에서 발생한 소득이 대상이다.
국내 법인세 과세 체계를 요약하면 다음과 같다.
총익금과 총손금을 계산, 각 사업연도 소득을 계산하고 여기에 ▲5년내 이월결손금 ▲비과세 소득 ▲소득공제금액을 제외한 과세 표준을 산출한다.
계산된 산출표준에 15%와 27%의 세액중 조건에 맞는 세액을 곱해 산출세액을 작성하고 작성된 산출세액에서 세액공제, 세액감면을 제외하고 무신고, 미납부 등의 가산세를 추가해 결정세액을 산출한다.
이렇게 결정된 결정세액에서 ▲원천징수 납부세액 ▲중간 예납세액 ▲수시 부가세액 등의 기납부 세액을 제외한 자진납부세액을 산출 신고한다.
법인세의 신고는 사업년도 종료일로부터 3월내에 법인세과세표준 및 세액신고서를 작성해 납세지 관할세무서장에게 신고해야 하며, 이 때, 제출서류로는 ▲대차대조표와 손익계산서, ▲이익잉여금처분(결손금처리)계산서, ▲세무조정계산서, ▲기타 부속서류 등이다.
법인세의 납부는 법인세신고서에 기재된 납부세액을 법인세 신고기한 내에 가까운 은행 또는 우체국에 납부하면 되고, 납부할 세액이 1천만원을 초과하는 경우에는 1천만원 초과분(2천만원 초과시 50% 이하 금액)중 일부를 납부기한이 경과한 날부터 1월 내(중소기업의 경우 45일 내)에 분납이 가능하다.
법인세에 따라 납부하는 주민세는 개인사업자와 달리 사업연도 종료일로부터 4월내에 법인세액의 10%를 사업장 소재지를 관할하는 시ㆍ군ㆍ구에 신고 납부해야 한다.
부가가치세 납부는 법인사업자는 매출세액(공급가액 × 10%)에서 매입세액을 차감해 납부해야 하며, 1년에 4번 신고·납부한다.
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