이에 따라 기업체 부설 연구소는 산기협(www.koita.or.kr) 홈 페이지에서 신청양식 등을 내려받아 산기협에 접수하면 되고 정부출연 연구소와 국·공립 연구소, 우수연구집단 등 자연계 연구기관은 과기부(www.most.go.kr)에서 양식을 다운로드해 과기부에 신청하면 된다.
과기부와 산기협은 신청서를 접수받아 1차 평가한 뒤 병무청에 추천서를 보내며 병무청은 전문연구요원 대상자 배출 규모와 희망업체의 복무관리 현황 등을 평가해 업체와 배정 인원을 최종 결정한다.
과기부는 특히 올해 지방 균형발전을 위해 지방 소재 기업부설 연구기관에 대해서는 추천 우대 조항을 신설, 가산점을 부여하고 있다.
전문연구요원 제도는 석사 이상의 학위소지자가 군에 입대하지 않는 대신 병무청이 병역특례 지정업체로 지정한 대기업과 중소벤처기업 연구소 또는 출연연구소, 국·공립연구소에서 5년 동안 근무하는 ‘병역대체 복무제도’다.