올해 말 종료될 예정이었던 중소기업·자영업자를 위한 각종 부가가치세 지원제도가 2년에서 최대 3년까지 연장된다.

정부가 지난달 28일 발표한 내년도 세법개정안에 따르면 중소기업 접대비 한도, 신용카드 매출세액 우대 공제율, 재활용 폐자원·중고차 의제매입세액공제, 농수산물 의제매입세액 우대 공제한도 등 일몰 조항이 모두 2018년 말까지 연장 적용된다.

또한 소득·법인세 과세대상 소득에서 비용으로 공제할 수 있는 중소기업 접대비 한도를 1800만원에서 2400만원으로 확대한 특례제도도 2018년 12월31일까지 연장 적용된다.

농수산물 의제매입 세액 우대공제는 음식점 사업자들이 가공하지 않은 면세 농수산물을 살 때 실제 매입세액을 부담하지 않았음에도 구입금액의 일정 비율을 부가가치세에서 깎아주는 제도다.

제조업 등 다른 산업 분야에도 농수산물을 상대로 한 의제매입세액 공제제도가 있지만, 음식점업에 적용되는 공제율이 가장 높다. 현재 공제한도는 매출액 규모에 따라 다르며 음식점 개인사업자의 경우 일반 사업자(40~50%)보다 높은 우대 공제한도(45~60%) 혜택을 받고 있다.

음식점업의 농수산물 의제매입세액 우대 연장은 지난해 메르스(MERS·중동호흡기증후군)로 직격탄을 맞은데 이어 최근까지 경기 불황으로 어려움을 겪는 음식점업의 사정을 고려한 것이다.

자영업자의 신용카드·현금영수증 매출액에 대해 결제금액의 1.3~2.6%를 부가가치세 매출세액에서 공제해주는 제도도 2018년 말까지 계속된다.

세금계산서를 발급하지 못하는 개인 등에게서 재활용 폐자원·중고차를 사면 각각 매입금액의 103분의 3, 109분의 9를 부가가치세에서 깎아주는 제도 역시 일몰이 2018년 말까지 연장된다.

최영록 세제실장은 “접대비 지출한도가 줄어 많은 중소기업이 한도를 이미 초과한 상태”라며 “중소기업들의 접대비 한도를 한시적으로 증액시켜 운용하고 있는데 한도를 줄이면 세부담이 늘어나는 효과가 있어서 연장한 것”이라고 말했다.

중소기업이 종업원용 기숙사, 장애인·노인·임산부 편의시설 등 직원 복지시설을 매입할 때 매입금액의 10%를 소득·법인세에서 깎아주는 제도도 신설된다.

10% 소득·법인세 할인도
기업 규모와 무관하게 적용되던 7%의 세액공제율을 중소기업에 한해 10%로 확대한 것이다.
단 직장어린이집, 수도권 밖의 국민주택규모 주택은 종전대로 중소기업 여부와 상관없이 10% 공제율이 적용된다.

소기업·소상공인을 위한 공제부금 제도인 노란우산공제에 가입하고 난 뒤 5년 이내 가입을 해지하면 부담해야 하는 중도해지가산세(2%)는 폐지된다. 사업 재기를 원하는 소기업·소상공인들에게 목돈 마련을 지원하기 위한 것이다.

노란우산공제의 경우 소기업·소상공인이 매달 일정 금액을 적립하고 연간 300만원 한도로 소득공제를 받는 제도로 중소기업중앙회가 관리·운용하고 있다.

대·중소기업 협력재단 출연금에 대한 세액공제(7%)는 2019년 12월31일까지 연장되며 다양한 분야의 지원을 위해 연구·인력개발에 한정된 지출용도 제한이 폐지된다.

대·중소기업 협력재단을 통해 설비를 중소기업에 무상으로 임대할 경우 설비 취득금액의 3%를 세액공제해주는 제도도 신설된다.

장애인 등 취약계층 일자리 창출을 지원하기 위해 사회적기업·장애인표준사업장에 대해 소득·법인세를 3년간 100%, 이후 2년간 50%를 깎아주는 제도도 2019년 12월 31일까지 연장된다.

벤처 M&A 세액공제 요건도 완화
벤처 생태계에 민간 부문을 끌어들이기 위한 다양한 세제 인센티브가 제공된다. 벤처기업의 인수·합병(M&A) 세액공제 문턱이 낮아지고 벤처에 투자하는 기업의 세제 혜택이 새롭게 생긴다.

현재 정부는 벤처기업, 연구개발(R&D) 비용이 매출액의 5%를 초과하는 중소기업 등 기술혁신형 중소기업을 합병하거나 해당 기업의 주식을 인수하는 경우 인수금액 중 기술가치 금액의 10%를 세액 공제해주고 있다. 기술가치 금액은 특허권 등 평가액이나 순자산시가의 130%를 넘는 금액을 뜻한다.

다만 정부는 기술혁신형 중소기업을 M&A할 땐 양도가액이 순자산시가의 130%를 넘고 합병·인수 대가 중 현금 비율이 80%를 넘겨야만 한다는 조건을 달았다.

비상장 법인의 주식을 인수할 때 피인수법인 지분의 50%를 넘겨야 하고 합병되거나 인수된 법인의 지배주주에게 주식을 배정하지 않아야 한다는 요건도 붙였다. 비상장 기술혁신형 중소기업의 M&A를 촉진하기 위해 경영권을 인수할 때 피인수법인의 지분 인수 비율을 50%에서 30%로 낮출 방침이다.

아울러 기술혁신형 중소기업의 창업자가 인수기업의 주주로 남아 기술이전을 지원할 수 있도록 피합병·피인수 기업 지배주주에게도 주식 배정을 허용하기로 했다.

중견기업 유턴시 법인세 100% 면제
해외에서 국내로 유턴한 기업에 대한 세제혜택이 중소기업에서 중견기업으로까지 확대 적용된다.

정부는 이번 세법 개정안에서 해외진출기업의 국내복귀 시 세제지원 대상을 중소기업에서 중견기업으로 확대하고 혜택 적용 요건을 완화하기로 했다.

현재 유턴기업에 대한 세제 혜택은 크게 해외사업장을 폐쇄한 완전복귀와 해외사업장을 축소한 부분복귀 두갈래로 나눠 적용된다.
정부는 완전복귀한 모든 유턴기업엔 소득세와 법인세를 5년간 전액 면제해주고 그 후 2년 동안 50%를 감면해준다.

여기에 중소기업의 경우 완전복귀하면 2억 한도 내에서 자본재 수입에 대한 관세를 100% 면제해준다. 부분복귀한 경우에는 중소기업에만 지원이 이뤄지고 있다. 정부는 중소기업이 부분복귀했을 때 소득세·법인세를 3년간 100%, 그 후 2년간은 50% 면제해준다. 관세는 최대 1억원까지 50%를 면제해주고 있다.

이러한 제도는 중견기업이나 대기업은 완전 복귀를 하지 않는 이상 유턴해도 별다른 혜택을 얻지 못하게 되는 문제점이 있었다.

이와 관련해 이번 개정안에서는 부분복귀 시 소득세·법인세, 관세 감면 혜택을 중소기업뿐 아니라 중견기업에도 적용하기로 했다. 완전복귀 시 중소기업에만 주던 관세 혜택도 중견기업까지 대상을 넓힌다.

개정안에선 관세 감면한도도 두배씩 늘리기로 했다. 중소·중견기업을 가리지 않고 완전복귀 시에는 관세 한도가 2억원에서 4억원, 부분복귀시에는 1억원에서 2억원이 된다.