국세청은 올해부터 '연구·인력개발비(R&D) 세액공제' 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도를 시행한다고 13일 밝혔다.

'연구·인력개발비 세액공제'는 과학적 진전, 새로운 서비스의 개발, 임직원의 교육 등을 위해 연구소를 운영하거나 다른 기관과 공동연구하면서 인건비, 재료비 등을 지출한 경우 당해 과세연도 법인세(소득세)에서 공제 대상 금액을 차감하는 조세지원 제도이다.

이 제도는 기업 입장에서 절세 효과가 크지만, 세액공제 해당 여부나 공제 가능 금액을 놓고 과세관청과 기업 간 이견과 갈등이 많은 항목이다.

추후 세무조사 등으로 세액공제가 잘못된 것으로 확인되면, 기업은 수년간 공제받은 금액에다 가산세까지 덧붙여 추징되는 사례가 발생하므로, 기업에게는 부담도 클 수밖에 없다.

2018년 기준으로 세액공제를 받은 곳이 중소기업 2만8834곳을 포함해 3만여곳에 달한다.

이에 따라 2020년 1월 1일부터 납세자가 신청하는 경우 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해주는 제도를 시행하여, 기업이 불확실성 해소와 가산세 부담 완화를 통해 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있도록 지원할 방침이다.

신청인이 사전심사 결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우 해당 신고 건은 '내용 확인' 대상에서 제외되고, 이후 심사 결과와 다르게 과세 처분이 이뤄져도 '과소신고 가산세'가 면제된다.

사전심사를 원하는 내국법인과 거주자는 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 홈택스(www.hometax.go.kr), 우편, 방문 등을 통해 신청할 수 있다.

이미 지출한 관련 비용뿐 아니라 지출 예정 비용에 대한 사전 심사도 가능하다.

국세청은 향후 중소기업중앙회 등 유관기관 회원들과 세무대리인을 대상으로 간담회 등을 통해 의견 수렴 등을 거쳐 지속 개선해 나갈 예정이다.

기타 사항은 국세청 법인세과 연구개발 세정지원TF팀(044-204-3333~9)으로 문의하면 된다.