당초 납부해야 할 세금보다 적게 신고한 경우에 과세관청에서 알아낸 경우는 세무서에서 세금과 가산세를 동시에 추징하게 되기 때문에, 가급적 빨리 수정신고를 해야 한다.
납부할 세금보다 착오로 많이 신고 및 납부한 경우에는 경정청구를 해야 한다. 경정청구는 요건이 중요하기 때문에 요건에 부합되게 청구해야 하는데, 법정 신고 기한 경과 후 2년 이내까지 당초 신고한 과세표준과 세액을 다시 고쳐 줄 것을 관할 세무서장에게 청구해야 한다. 이 경우 해당자는 당초 신고기한 내에 신고서를 적법하게 제출한 경우에 한하게 된다.
위법하거나 부당한 결정을 받은 경우에 취할 수 있는 방법으로는 과세전적부심사 청구, 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원 심사청구, 행정소송의 6가지 방법이 있다.
첫째, 세무조사 결과 통지서의 내용에 대해 수긍할 수 없다면 다음의 요건을 갖춰 과세전적부심사청구를 할 수 있다
▲ 세무조사 결과 통지서를 받은 날로부터 20일 이내에 과세전적부심사청구를 해야 한다.
▲ 세무조사의 관할 세무서장(지방 국세청장의 조사의 경우는 지방 국세청장)에게 청구해야 한다.
▲ 이러한 과세전적부심사청구에 대해 30일 이내에 관할 세무서장은 납세자의 손을 들어줄 것인지에 대해 결정하해 한다.
둘째, 세무조사 결과에 의한 금액을 포함해 부당한 처분이나 위법한 처분을 받은 경우에는 그 처분을 받은 날로부터 90일 이내에 관할 세무서장에게 이의신청을 해야 한다. 관할 세무서장은 30일 이내에 신청의 수용 여부를 결정해야 한다.
셋째, 과세관청의 위법 또는 부당한 처분으로 권리, 이익을 침해당한 자는 그 처분을 안 날로부터 90일 이내에 세무서장을 거쳐 국세청장에게 심사청구를 할 수 있으며, 국세청장은 60일 이내에 이 청구의 수용여부에 대해 결정해야 한다.
넷째, 과세당국의 위법하거나 부당한 처분을 받은 경우에 국세심판원에 심판청구를 할 수 있으며, 부당한 처분을 받은 날로부터 90일 이내 청구해야 한다.
다섯째, 과세당국은 감사원의 감사를 받으므로 위법, 부당한 처분에 대해 감사원에 그 심사를 청구할 수도 있다.
여섯째, 행정법원(1심), 고등법원(항고) 또는 대법원에 그 위법한 처분 등을 취소 및 변경 또는 확인하는 소송을 제기할 수 있는데 이를 행정소송이라 한다.
일반적으로 세무조사라 함은 해당 세금에 대한 적법한 신고 납부 여부에 대해 세무 공무원이 해당 납세 의무 관련자를 상대로 질문하거나 장부, 서류 등을 조사, 확인하는 절차를 말하는데, 세무조사의 종류로는 일반세무조사, 특별세무조사, 조세범칙조사가 있다.
일반세무조사는 조세범칙 조사 이외의 모든 세무조사를 말하며, 특별세무조사는 통상적인 조사방법으로는 조사의 실효를 거두기 어려운 경우에 별도의 계획에 의해 실시하는 조사를 말한다.
조세범칙조사는 조세범 처벌 절차법에 근거해 조세에 관한 법률 위반 행위에 대해 조세범 처벌법을 적용해 처벌함으로써 납세 질서를 확립할 목적으로 행하는 사법적 성격의 조사를 말한다.
개인사업자의 경우에 세무조사 대상 선정은 신고한 소득금액과 다른 사업외적인 것을 반영해 결정된다고 본다. 따라서 전산자료 분석상 불성실한 개인기업은 소득세 조사를 받을 가능성이 크다.
또는 경제현상에 따라 그때그때 호황업종 등은 중점관리 대상업종으로 분류돼 조사 대상자가 될 확률이 크다.