신규로 가게를 오픈해 모든 시설을 새로 설치하기는 여러 면에서 부담스럽기 때문에 상가양수도 거래를 많이 한다. 그런데 무심코 받고 건넨 권리금에 부가가치세가 있다는 사실은 모르는 사람이 많다. 한쪽이 법인인 경우는 세금계산서를 끊는 경우가 많은데 양도양수자 모두 개인사업자인 경우 세금계산서 발행이 되는 경우가 많지 않다.

그렇다면 양도양수시 발생하는 권리금에 대해서 어떻게 처리를 해야할까? 개인사업자 갑(양도자)이 개인사업자 을(양수자)에게 음식점을 양도하면서 권리금 1억을 받았다고 가정하면 다음과 같다.

양도자 갑이 양수자 을에게 권리금 1억을 받기로 약정했고 포괄양수도 거래가 아니라면 부가가치세 1000만원도 함께 받아야 한다. 양도자 갑은 아래와 같이 처리해야 한다.
1) 세금계산서 1억1000만원에 대해 발행하고 기타소득 원천징수영수증을 수령한다.
2) 부가가치세 신고시 신고서 하단의 ‘수입금액제외’로 신고한다.(권리금은 영업권성격으로 소득세법에서 기타소득으로 분류하고 있다)
3) 종합소득세 신고시 기타소득을 사업소득과 합산 신고한다.(기타소득금액이 300만원을 초과하는 경우 종합소득세 신고시 다른소득과 합산해 신고해야 한다)

양수자 을은 아래와 같이 처리해야 한다.
1) 권리금 1억원과 부가가치세 1000만원을 지급하되 기타소득 원천징수세액 440만원을 제외한 1억560만원만을 지급한다.(기타소득 원천징수영수증을 발급해야 한다.)
2) 세금계산서를 수령해 부가가치세 1000만원은 매입세액공제를 받고, 무형고정자산으로 계상 후 감가상각을 한다.
3) 기타소득 원천징수세액은 징수한 달의 다음 달 10일까지 신고하고 납부한다.
4) 기타소득 지급명세서를 다음 연도 2월 말까지 관할세무서에 제출한다.

위에서 정리한 것과 같이 양도자와 양수자는 각종 세법상 의무이행사항이 있다. 그렇다면 위 사항을 이행하지 않은 경우에는 어떤 불이익이 있는지도 한번 알아보자.

양도자 갑의 경우 다음과 같다.
1) 세금계산서 미발급으로 인한 부가가치세 과소신고가산세 10%가 부과된다.
2) 부가가치세 과소신고로 과소납부한 금액에 대해 납부불성실가산세가 부과된다.
3) 기타소득에 대해서 신고를 하지 않았다면 과소신고한 기타소득금액으로 인한 소득세에 대해 과소신고가산세가 부과된다.
4) 또한 소득세를 과소신고했기에 과소신고한 납부세액에 대해 소득세 납부불성실가산세가 부과된다.