중소기업협동조합에 대한 법인세 과세특례(당기순이익 과세특례)와 공동시설용 부동산 취득세 경감을 골자로 하는 법안이 최근 국회 본회의에서 가결됐다.
이에 따라 중소기업협동조합의 재무제표상 당기순이익에 세무조정 없이 9%(당기순이익이 20억원을 초과하는 하는 분은 12%)로 법인세를 과세한다. 단 이번 세제 혜택은 조합의 수익사업과 관련된 것에 한하며 접대비, 기부금의 한도초과액, 과다경비, 업무무관비용, 차입금 지급이자, 퇴직급여충당금의 손금불산입액 등은 세무조정해 익금산입한다.
협동조합은 일반 법인세와 당기순이익 과세 중 선택할 수 있으며, 당기순이익 과세특례제도를 선택하는 경우 조세특례제한법상 공제·감면혜택은 미적용 된다.
부동산 취득세 경감의 경우 중소기업협동조합이 제품의 생산·가공·수주·판매·보관·운송을 위해 취득하는 공동시설용 부동산에 대해 취득세의 50%를 경감해준다.
‘전통시장 및 상점가 육성을 위한 특별법’에 따른 전통시장의 상인이 조합원으로 설립한 협동조합과 한국표준산업분류에 따른 슈퍼마켓 또는 기타 음·식료품 위주 종합 소매업의 사업자가 조합원으로 설립한 협동조합의 경우에는 취득세의 75%를 경감해준다.
한편 법인세 당기순이익 과세특례제도는 조합 세무조정 간소화 및 저율과세를 통해 조합의 세부담을 경감시켜주는 효과가 있다. 또 부동산 취득세 경감을 통해 조합의 공동사업을 활성화를 지원하고 있다. 두 세제특례 제도 모두 올해 말 일몰 예정이었지만, 이번 조치로 2020년 12월31일까지로 연장됐다.