대다수 중소기업이 국세청과 지방자치단체 간 중복 세무조사 가능성에 부담을 느끼는 것으로 조사됐다.
중소기업중앙회(회장 박성택)는 중소기업 525곳을 대상으로 실시한 ‘2017 중소기업 세제세정 이용 및 애로 실태조사’ 결과 이같이 나타났다고 최근  밝혔다.
2013년 지방세법 개정에 따른 국세청과 지자체 간 중복 세무조사 가능성에 대해 전체 조사기업의 91%(매우 부담 50.3%, 조금 부담 40.8%)가 부담을 느낀다고 답했다.
중복세무조사는 지난 정부에서 주무부처인 기획재정부(국세), 행정안전부(지방세)가 국세청 중심의 세무조사 일원화에 합의하고, 19대 국회에서 개정 법률안들이 발의됐으나 지방자치단체의 반대로 통과되지 못한 채 회기종료로 폐기된 바 있다.
이에 대한 개선방안으로는 ‘국세청·지자체 간 조사계획 사전 공유 및 협의를 통한 중복세무조사 방지’(47.6%), ‘국세청 혹은 지자체로부터 세무조사를 받은 기업은 일정 기간 양측으로부터 중복세무조사 금지’(45.5%) 등이 제시됐다.
아울러 최근 5년 내 세무조사를 경험한 중소기업 101곳 중 46.5%는 이전보다 세무조사가 강화됐다고 응답했다. 이전과 비슷한 수준이라고 응답한 비율은 49.5%였고 이전보다 세무조사가 완화됐다고 응답한 비율은 1%에 불과했다.
국세청 세무조사 시의 어려움으로 중소기업들은 ‘대상선정의 예측불가능성’(44.6%), ‘하드디스크·장부 등 자료요구 예치’(14.7%), ‘높은 가산세, 벌과금’(12.4%) 순으로 답했다.
한편 중소기업들은 올해 세제 개편 내용 중 가장 도움이 될 것으로 예상되는 조세지원제도로 ‘중소기업 특별세액감면과 다른 고용지원 세액공제 간 중복적용 허용’(34.3%)을 1위로 꼽았다.
이외에 고용증대세제 신설(26.9%), 중소기업 사회보험료 세액공제 확대(26.7%) 등의 순으로 도움이 될 것이라고 답했다.
중소기업 특별세액감면은 감면효과가 크고 적용이 간편해 가장 많은 중소기업이 활용하는 제도지만 다른 조세지원제도와의 중복적용이 안 된다는 단점이 있었다.
그러나 세법 개정으로 올해부터 신설 고용증대세제, 중소기업 사회보험료 세액공제와의 중복적용이 허용된다.