대표적인 기업 R&D지원책인 ‘R&D세액공제 제도’의 활용과 관련해, 기업들은 과도한 증빙서류, 판단기준의 모호성, 불충분한 정보 등으로 인해 불편함을 느끼고 있는 것으로 나타났다. 

이와관련 기업들은 기업연구소 현장의 특수성을 감안한 R&D활동 판단 기준을 제시하고, 증빙서류를 간소화하는 등 개선책 마련이 필요하다고 입을 모았다.

22일 한국산업기술진흥협회(산기협)는 1월 25일부터 2월 26일까지 R&D조직을 보유한 기업 1978개사를 대상으로 실시한 ‘R&D세액공제 및 세액공제 사전심사제도 활용실태 조사’ 결과를 발표하고, 민간의 R&D투자 촉진을 위해, 기업의 실태를 고려한 조세지원제도 개선을 요청했다.

'R&D세액공제(Tex Incentive)'는 기업이 R&D에 투자하는 비용의 일정비율을 법인세 혹은 소득세에서 감면하는 제도로, 전 세계적으로 33개국(`20, OECD)이 민간의 R&D투자를 촉진하는 중요한 제도로 활용하고 있다. 우리나라는 1982년부터 이 제도를 통해 기업의 R&D투자를 지원해왔으며, 2019년 기준 3만4122개사(2.2조원 규모, 법인기준)가 이 제도의 혜택을 보고 있다.

이번 조사에서 응답기업의 20.8%(411개사)가 정보부족, 제출서류 부담 등으로 인해 R&D세액공제 활용이 어렵다며 개선을 요청했다. 

R&D세액공제 활용의 애로요인으로는 정보부족이 68.4%(281개사)로 가장 높게 나타났다. 기업들은 R&D조세지원 제도의 내용을 정확하게 이해하기 어렵다며, 구체적 정보제공 및 교육의 필요성을 강조했다.

특히 정보부족을 호소한 기업의 17.1%(48개사)는 세액공제 대상에 대한 과세당국의 명확한 기준이 필요하다고 지적했다. 

또한 세액공제 신청 시 증빙서류와 절차에 대한 부담도 24.5%(101개사)로 나타났다. 세부적으로는 제출서류가 과다해서 준비하는 과정에 대한 부담이 크다는 의견이 16.5%(68개사), 연구노트 등의 작성 어려움(33개사, 8.0%) 등을 꼽았다.

한편 기업들은 2020년부터 시행하고 있는 ‘R&D세액공제 사전심사제’(이하 사전심사제)와 관련해서는 필요성에 공감하면서도, 보완이 필요하다고 지적했다. 

'R&D세액공제 사전심사제'는 국세청이 `20년도부터 신청한 기업을 대상으로 연구소‧전담부서에서 지출한 연구개발비에 대해 R&D세액공제(조특법 제10조) 해당여부를 미리 심사하는 제도다.

응답기업 중 1096개사(55.4%)가 사전심사제도에 대해 알고 있다고 응답했고, 이 중 169개사(15.4%)가 사전심사제도를 활용했는데, 특히 중소기업의 활용률이 높은 것으로 나타났다.

향후에 사전심사제도를 활용하겠느냐는 질문에 대해서는 50.1%(991개사)가 활용할 의사가 있다고 응답한 반면, 신청하지 않거나 판단을 보류한 경우는 49.9%(987개사)로 나타났다.

사전심사제도를 활용한 기업(169개사) 중 49.1%는 활용에 애로를 겪었으며 개선이 필요하다고 응답했다. 애로사항으로는 심사과정에서 추가 증빙서류 요청(45.8%)과 명확하지 않은 세액공제 적용기준(31.3%) 등이 꼽혔다.

이와 관련 김유식 과기정통부 과학기술전략과장은 “코로나19 팬더믹 등으로 기업의 R&D투자 위축이 우려되는 상황”이라며, “R&D 세액공제제도는 기업의 R&D투자를 촉진하는 목적에 부합하도록 명확한 기준을 토대로 운영될 필요가 있다”고 말했다. 또한 “앞으로 산기협과 협의해 기업들이 R&D 조세지원제도를 적극적으로 활용할 수 있도록 지원하겠다”고 설명했다. 

또한 김상길 산기협 전략기획본부장은 “산기협은 과기부와 함께 기업연구소 보유기업이 R&D조세지원제도를 활용함에 있어 제도의 취지를 정확하게 이해하고, 연구개발활동의 적격여부를 스스로 판단할 수 있도록 `19년부터 연구개발활동 가이드라인을 제작하고 있다”며, “기업이 가이드라인을 통해 R&D조세지원에 대한 이해도를 제고하고 원활한 제도활용을 할 수 있도록 노력하겠다”고 말했다.

연구개발활동 가이드라인은 산기협 홈페이지(www.koita.or.kr)를 통해 확인가능하다.